L’Istituto è proprietario di varie raccolte di manoscritti, disegni, incisioni e volumi a stampa di interesse archeologico e storico-artistico acquisiti attraverso lasciti, donazioni, acquisti e cambi. Fin dal momento della sua fondazione, infatti, un lotto di 50.000 volumi venne ceduto dalla Direzione delle Antichità e Belle Arti per costituire il nucleo iniziale della prima raccolta pubblica di libri dedicati all'archeologia e alla storia dell'arte: la Biblioteca del Reale Istituto di Archeologia e Storia dell'Arte, il cui patrimonio si venne in seguito accrescendo in maniera sistematica fino ai giorni nostri.

Successivamente all'ingresso della Biblioteca nel circuito delle biblioteche pubbliche statali, i Fondi che rimasero di proprietà dell'Istituto furono concessi in deposito esterno alla Biblioteca di Archeologia e Storia dell’Arte di Roma (BIASA). Ancora oggi essi costituiscono un patrimonio di valore inestimabile destinato alla fruizione pubblica.

Il materiale è di libera consultazione, negli orari e secondo le modalità stabilite dal regolamento della Biblioteca. Per ogni altro utilizzo, compresa la riproduzione fotografica e la pubblicazione, è necessario richiedere autorizzazione scritta alla Direzione dell'Istituto Nazionale di Archeologia e Storia dell'Arte.

Fondi di proprietà dell'Istituto Nazionale di Archeologia e Storia dell'Arte in deposito presso
la Biblioteca di Archeologia e Storia dell'Arte di Roma (BIASA)

Fondo Barnabei: conserva manoscritti di Felice Barnabei (1842-1922), fondatore del Museo Nazionale Romano e del Museo Etrusco di Villa Giulia a Roma, donati all'Istituto dalla vedova Corinna Barnabei il 27 novembre 1930 e provenienti in parte dalle carte personali e in parte dall’archivio della rivista Notizie degli Scavi di Antichità, di cui Barnabei fu responsabile

Fondo Vincenzo Campanari: con i disegni originali della Pianta di Roma di Giovanni Battista Nolli del 1748, attualmente esposti nella Sala della Crociera presso il palazzo del Collegio Romano, donati dal marchese Vincenzo Campanari il 17 marzo 1938

Fondo Castellani: 3.084 volumi, 10.229 tra fascicoli e opuscoli, 341 carte geografiche, piante, stampe, acquisito per lascito testamentario nel 1930

Fondo Conti: con acquerello dell'architetto Fossati raffigurante una veduta del Foro Romano, donato dall'ing. Giovanni Conti il 5 marzo 1930

Fondo de Rossi: contiene il manoscritto originale delle Inscriptiones Christianae Urbis Romae di Giovanni Battista de Rossi, acquistato nel 1930

Fondo Lanciani: comprendente la biblioteca dell'archeologo Rodolfo Lanciani, formata da 1.596 volumi a stampa, 1.202 opuscoli, 739 miscellanee, 460 volumi rari, 18 codici manoscritti, 17.443 pezzi tra disegni, incisioni, fotografie e riproduzioni fotomeccaniche, più varie raccolte di appunti manoscritti, disegni e incisioni, acquistata dagli eredi del Lanciani il 19 giugno 1929. Gran parte della collezione grafica è consultabile attraverso il portale Images of Rome. The Rodolfo Lanciani Digital Archive. Il Fondo Manoscritti, interamente digitalizzato dall'Istituto, è consultabile alla pagina Manoscritti Lanciani   

Fondo Monneret de Villard: con volumi a stampa e manoscritti riguardanti opere d'arte copta, bizantina, orientale e romanica, e le campagne di scavo in Egitto, Nubia, Siria, intraprese dall'archeologo Ugo Monneret de Villard, donato all'Istituto da Adolfo ed Emma Monneret de Villard, eredi di Ugo, nel gennaio 1956. La donazione comprende circa 3.000 fotografie ordinate per località, i cui negativi sono stati consegnati in deposito temporaneo illimitato revocabile al
Gabinetto Fotografico Nazionale, ora Istituto Centrale per il Catalogo e la Documentazione di Roma, il 24 febbraio 1966

Fondo Muñoz: con acquerello di B. Gironi raffigurante una veduta del Foro Romano, donato all'Istituto dall'architetto Antonio Muñoz nel 1931

Fondo Pagliara: con circa 20.000 volumi comprendenti opere a stampa e opuscoli dei secoli XVI-XX e testi di archeologia, storia dell'arte, teatro e musica donati all'Istituto dalle sorelle ed eredi di Rocco Pagliara il 12 marzo 1928

Fondo Paolini: con disegni, fotografie e appunti relativi agli scavi del Governo delle Isole Italiane dell'Egeo, donati dal prof. Mario Paolini e trasferiti all'Istituto nel maggio 1958

Fondo Possenti: con manoscritti, schede bibliografiche e volumi a stampa relativi all'arte dell'arazzeria già di proprietà di Enrico Possenti (1872-1935), acquisito dall'Istituto per lascito testamentario nel giugno 1937

Fondo Ricci: con circa 4.000 volumi a stampa e opuscoli e 7 manoscritti, donato all'Istituto da Corrado Ricci tra il 1922 e il 1934

Fondo Rossi: comprendente l'intera biblioteca di Attilio Rossi pervenuta all'Istituto per lascito testamentario

Fondo Rusconi: con più di 500 volumi di storia dell'arte già di proprietà dell'ing. Antonino Rusconi (1897-1975), soprintendente ai monumenti e proto della basilica di San Marco a Venezia, acquisito per lascito testamentario nel 1977

Fondo Salvagnini: con 614 volumi donati prima del 1926

Fondo Vessella: con 1.087 volumi a stampa e 1.832 opuscoli di storia della musica, 50 volumi e 425 manoscritti di musica, acquisito dall'Istituto attraverso gli eredi del maestro Alessandro Vessella l'11 maggio 1930

Fondo Waldthausen: con due taccuini e fogli sciolti contenenti disegni, lettere e altri manoscritti autografi del pittore Salvator Rosa, donato all'Istituto da Ernst Waldthausen il 12 maggio 1938